De röda och blå prickarna vill mötas, men de har inte armar eller ben som gör att de kan röra sig, men prickarna är runda, vilket betyder att de kan rulla. Du måste använda en magisk penna och din uppfinningsrikedom. För att få prickarna att flytta sig närmare varandra, rita en linje eller form så att bollarna rullar ner och kolliderar med varandra. Gå igenom nivåerna, de första sex är redan tillgängliga och du kan välja vilken som helst, utan att följa ordningen måste du gå igenom allt för att få tillgång till de återstående nivåerna i Brain Dots.