Merge Train Last Rail utspelar sig ombord på ett mystiskt tåg som har stannat någonstans i en alternativ värld. För att återuppta rörelsen behöver du en speciell nyckel, men utöver detta måste du reparera vissa komponenter och mekanismer, och för detta behöver du verktyg och olika delar. Du kan få allt detta på en speciell spelplan med hjälp av sammanslagningsalternativet. Kombinera två identiska föremål för att få en ny, slutför passagerarbeställningar och lås upp alla föremål på fältet i Merge Train Last Rail.