Hjältinnan i spelet Contra: Jungle Breach vid namn Mara är en före detta legosoldat som gick i pension, men inte kunde vila. Den före detta krigaren fick ett hemligt uppdrag som bara kunde slutföras med hennes erfarenhet. Ett okänt flygplan av ojordiskt ursprung registrerades som landade i djungeln. Konstiga varelser med tydligt aggressiva tendenser dök upp ur den. Mara måste hitta dem och förstöra dem. Och du kommer att hjälpa henne genom att röra dig genom djungeln och förstöra ovanliga varelser i Contra: Jungle Breach.